تم تأسيس كلية الطب الزهراء في عام 2017 كأول كلية طبية في جامعة البصرة بعد كلية الطب. وقد تبنت منهجاً دراسياً مختلفاً يُعرف بـ "المنهج المتكامل"، والذي يستند إلى برنامج التعليم المستند إلى المخرجات (Outcome Based Education). تم اعتماد هذا المنهج مسبقاً من قبل كلية الطب في جامعة الكوفة، العراق، التي اعتمدت بدورها على منهج كلية الطب بجامعة ليستر في المملكة المتحدة.

في البداية، كانت الكلية تقع مع كلية الطب في جامعة البصرة كاستضافة لمدة عام واحد، ثم انتقلت إلى موقعها الخاص في مجمع باب الزبير التابع لجامعة البصرة.

لم يتم تصميم المبنى ليكون كلية، حيث كان مخصصاً ليكون سكناً للطلبة. لكن بذلت جهود كبيرة من قبل مجلس الكلية لإعادة تأهيله ليكون متوافقاً مع احتياجات الكلية.